The characterization of genetic defects in children with congenital neutropenia

Full Text

Нейтропения – снижение абсолютного количества нейтрофилов (АКН) менее порогового значения в зависимости от возраста (таблица 1) [1, 2], степень тяжести состояния определяется глубиной снижения нейтрофилов (таблица 2) [3]. Термин «агранулоцитоз» используется для обозначения тяжелой нейтропении с АКН < 0,2 × 10⁹/л и обычно ассоциируется с высоким риском тяжелых, опасных для жизни инфекций [4].

 

Таблица 1

Пороговые значения АКН в зависимости от возраста при выявлении нейтропении [1, 2]

Table 1

Absolute neutrophil count (ANC) cutoff values according to the age of neutropenia detection [1, 2]

Возраст Age	АКН, ×10⁹/л ANC, ×10⁹/L
Доношенные новорожденные (72–240 ч после родов) Full-term infants (72–240 h after birth)	≤2,5
Недоношенные новорожденные Preterm infants	≤1,0
От 14 дней до 1 года 14 days to 1 year	< 1,0
Дети старше 1 года Children over 1 year old	< 1,5
Взрослые Adults	< 1,8

 

Таблица 2

Степень тяжести нейтропении (не учтены дети до 1 года)

Table 2

The severity of neutropenia (children under 1 year of age are not taken into consideration)

Степень тяжести Severity	АКН, ×10⁹/л ANC, ×10⁹/L
Легкая Mild	< 1,5
Средняя Moderate	< 1,0
Тяжелая Severe	< 0,5

 

Одна из классификаций нейтропении основана на патогенезе, в ней нейтропения делится на врожденную и приобретенную [1]. В свою очередь, приобретенная нейтропения может носить первичный характер (наличие аутоантител или идиопатический механизм) либо вторичный (вследствие инфекций, аутоиммунных заболеваний, лекарственных воздействий, недостатка питания, гиперспленизма или гематологических заболеваний) [5].

Более редкими причинами нейтропении у детей являются врожденные дефекты иммунной системы (ВДИ). ВДИ характеризуются нарушением функционирования иммунной системы, что ведет к инфекционным заболеваниям, предрасположенности к аутоиммунным и воспалительным процессам, а также риску развития злокачественных новообразований [6]. Спектр врожденных нейтропений весьма разнообразен и варьирует от тяжелой врожденной нейтропении (ТВН) до различных синдромальных патологий [7]. На сегодняшний день выделяют 9 типов ТВН (таблица 3) [8]. Современная классификация врожденной нейтропении 2023 г. включает более широкий спектр генетических вариантов [1].

 

Таблица 3

Типы ТВН [9]

Table 3

Types of severe congenital neutropenia (SCN) [9]

Тип ТВН SCN Type	Ген Gene
1	ELANE
2	GFI1
3	HAX1
4	G6PC3
5	VPS45
6	JAGN1
7	CSF3R
8	SRP54
9	CLBP
Х-сцепленная X-linked	WAS

 

Цель настоящей работы – выполнить анализ генетических основ врожденной нейтропении у детей, проходивших обследование и лечение в ФГБУ «НМИЦ ДГОИ им. Дмитрия Рогачева» Минздрава России.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

В исследование включены 178 пациентов из 174 семей в возрасте от 0 до 18 лет (на момент обследования), медиана (Q1; Q3) возраста на момент анализа составила 12 (2; 25) лет, соотношение по полу – 1,14:1 (95 мальчиков и 83 девочки). Диагноз нейтропении установлен в соответствии с критериями, включающими наличие постоянной или периодически возникающей нейтропении в общем анализе крови, как изолированной, так и в рамках синдромальной патологии. Длительность наблюдения составила 13 лет (с 2012 по 2025 г.).

Генетическая карта пациентов представлена в таблице 4.

 

Таблица 4

Генетическая карта пациентов с врожденной нейтропенией (n = 178), наблюдающихся в Центре им. Дмитрия Рогачева

Table 4

Genetic maps of the patients with congenital neutropenia treated at the Dmitry Rogachev National Medical Research Center of Pediatric Hematology, Oncology and Immunology of Ministry of Healthcare of the Russian Federation (n = 178)

Число пациентов Number of patients

Ген (транскрипт) Gene (transcript)

Тип наследования Mode of inheritance

Экзон/интрон Exon/intron

Положение в комплементарной ДНК Position on the complementary DNA strand

Белок Protein

Тип мутации Type of mutation

Зиготность Zygosity

Экзон/интрон Exon/intron

Положение в комплементарной ДНК Position on the complementary DNA strand

Белок Protein

Тип мутации Type of mutation

Зиготность Zygosity

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

13

1

ELANE (NM_001972.4)

АД AD

3-й экзон Exon 3

с.239T>G

p.Val180Gly

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

ELANE

АД AD

4-й экзон Exon 4

с.455T>C

p.Leu152Pro

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

ELANE

АД AD

5-й экзон Exon 5

с.704T>G

p.Val235Gly

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

2

ELANE

АД AD

4-й экзон Exon 4

с.567C>G

p.Leu189=

Синонимичная замена Synonymous substitution

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

ELANE

АД AD

3-й экзон Exon 3

с.308G> T

p.Arg103Leu

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

2

ELANE

АД AD

4-й интрон Intron 4

с.597+1G>A

Сайт сплайсинга Splice site

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

ELANE

АД AD

3-й экзон Exon 3

с.290A>C

p.Gln97Pro

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

ELANE

АД AD

3-й экзон Exon 3

c.301G>A

р.Val101Met

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

ELANE

АД AD

2-й экзон Exon 2

c.159C>G

p.His53Gln

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

ELANE

АД AD

5-й экзон Exon 5

c.570G>A

p.Val190 =

Синонимичная замена Synonymous substitution

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

3

ELANE

АД AD

4-й экзон Exon 4

с.416C>T

p.Pro139Leu

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

ELANE

АД AD

5-й экзон Exon 5

c.640_641delinsTT

p.Gly214Leu

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

4

ELANE

АД AD

5-й экзон Exon 5

с.640G>A

p.Gly214Arg

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

ELANE

АД AD

5-й экзон Exon 5

с.698_702dup

p.Val235ProfsTer7

Дупликация со сдвигом рамки считывания A frameshift duplication

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

ELANE

АД AD

4-й экзон Exon 4

с.468G>T

p.Trp156Cys

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

ELANE

АД AD

4-й экзон Exon 4

с.466T>C

p.Trp156Cys

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

ELANE

АД AD

4-й экзон Exon 4

с.573G>T

p.Arg191Ser

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

2

ELANE

АД AD

4-й интрон Intron 4

с.597+1G>C

Сайт сплайсинга Splice site

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

ELANE

АД AD

2-й экзон Exon 2

с.169G>A

p.Ala57Thr

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

ELANE

АД AD

5-й экзон Exon 5

c.608G>A

p.Gly203Asp

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

ELANE

АД AD

5-й экзон Exon 5

c.641G>A

p.Gly214Glu

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

2

ELANE

АД AD

2-й экзон Exon 2

с.179T>C

p.Ile60Thr

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

2

ELANE

АД AD

1-й экзон Exon 1

c.2T>A

p.Met1Lys

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

ELANE

АД AD

2-й экзон Exon 2

c.206C>A

p.Ala69Glu

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

ELANE

АД AD

3-й экзон Exon 3

с.391G>A

p.A131Thr

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

2

ELANE

АД AD

4-й экзон Exon 4

с.377C>G

p.Ser126Leu

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

2

ELANE

АД AD

2-й экзон Exon 2

с.125C>T

p.Pro42Leu

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

ELANE

АД AD

3-й интрон Intron 3

c.367-8C>A

Сайт сплайсинга Splice site

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

2

ELANE

АД AD

5-й экзон Exon 5

c.669C>A

p.Cys223Ter

Нонсенс Nonsense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

ELANE

АД AD

2-й экзон Exon 2

с.137C>A

p.Ser46Tyr

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

2

ELANE

АД AD

4-й интрон Intron 4

с.597+5G>A

Сайт сплайсинга Splice site

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

ELANE

АД AD

5-й экзон Exon 5

c.748G>A

p.Glu250Lys

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

ELANE

АД AD

2-й экзон Exon 2

c.193G>T

p.Val65Phe

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

ELANE

АД AD

3-й экзон Exon 3

c.248T>G

p.Val83Gly

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

ELANE

АД AD

4-й экзон Exon 4

с.452G>C

p.Cys151Ser

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

CSF3R (NM_000760.4)

АД AD

13-й экзон Exon 13

с.1640G>A

p.Trp54Ter

Нонсенс Nonsense

Гомозигота Homozygote

–

–

–

–

–

1

WAS (NM_000377.3)

Х-сцепленная X-linked

9-й экзон Exon 9

c.881T>C

P.Ile294Thr

Миссенс Missense

Гемизигота Hemizygote

–

–

–

–

–

1

WAS

Х-сцепленная X-linked

9-й экзон Exon 9

c.812T>C

p.Phe271Ser

Миссенс Missense

Гемизигота Hemizygote

–

–

–

–

–

1

WAS

Х-сцепленная X-linked

9-й экзон Exon 9

c.926G>T

p.Arg309Leu

Миссенс Missense

Гемизигота Hemizygote

–

–

–

–

–

1

GFI1 (NM_005263.5)

АД AD

3-й экзон Exon 3

с.235G>C

p.Val79Leu

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

GFI1

АД AD

7-й экзон Exon 7

с.1145A>G

р.Asn382Ser

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

G6PC3 (NM_138387.4)

АР AR

6-й экзон Exon 6

c.925delT

p.Phe309SerfsTer15

Делеция со сдвигом рамки считывания A frameshift deletion

Гомозигота Homozygote

–

–

–

–

–

1

TAFAZZIN (NM_000116.5)

Х-сцепленная X-linked

3-й интрон Intron 3

c.338+1G>A

Сайт сплайсинга Splice site

Гемизигота Hemizygote

–

–

–

–

–

1

TAFAZZIN

Х-сцепленная X-linked

8-й экзон Exon 8

с. 646G>A

р.Gly216Arg

Миссенс Missense

Гемизигота Hemizygote

–

–

–

–

–

1

VPS13B (NM_017890.5)

АР AR

14-й экзон Exon 14

c.5780C>A

p.Ser1927Ter

Нонсенс Nonsense

Гетерозигота Heterozygote

34-й экзон Exon 34

c.5513_5527del

p.Asp1838_Thr1842del

Делеция без сдвига рамки считывания A non-frameshift deletion

Гетерозигота Heterozygote

1

VPS13B

АР AR

14-й экзон Exon 14

c.1971dupC

p.Asn658GlnfsTer18

Дупликация со сдвигом рамки считывания A frameshift duplication

Гетерозигота Heterozygote

27-й экзон Exon 27

c.4075dupA

p.Ser1359LysfsTer16

Дупликация со сдвигом рамки считывания A frameshift duplication

Гетерозигота Heterozygote

1

VPS13B

АР AR

48-й экзон Exon 48

c.8847T>G

p.Tyr2924Ter

Нонсенс Nonsense

Гетерозигота Heterozygote

50-й интрон Intron 50

c.9258+1G>A

Сайт сплайсинга Splice site

Гетерозигота Heterozygote

1

VPS13B

АР AR

61-й экзон Exon 61

с.11733_11739del

p.Thr3912SerfsTer28

Делеция со сдвигом рамки считывания A frameshift deletion

Гетерозигота Heterozygote

20-й экзон Exon 20

с.2883T>G

p.Tyr961Ter

Нонсенс Nonsense

Гетерозигота Heterozygote

1

CLPB (NM_030813.6)

АД AD

15-й экзон Exon 15

с.1681C>T

p.Arg561Trp

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

GATA2 (NM_032638.5)

АД AD

5-й интрон Intron 5

с. 1144-2А>C

Сайт сплайсинга Splice site

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

4

GATA2

АД AD

5-й экзон Exon 5

c.1084C>T

p.Arg362Ter

Нонсенс Nonsense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

2

GATA2

АД AD

6-й экзон Exon 6

с.1187G>A

p.Arg396Gln

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

GATA2

АД AD

5-й экзон Exon 5

с.1033_1060del

Ala345ArgfsTer33

Делеция со сдвигом рамки считывания A frameshift deletion

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

GATA2

АД AD

Del Gata2 (3q21.3)

Протяженная делеция A large deletion

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

GATA2

АД AD

6-й экзон Exon 6

с.1411C>A

p.His471Asn

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

2

GATA2

АД AD

5-й экзон Exon 5

с.1082G>A

р.Arg361His

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

GATA2

АД AD

6-й экзон Exon 6

с.1312G>T

P.Ala438Ser

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

GATA2

АД AD

5-й интрон Intron 5

с.1144-1G>A

Сайт сплайсинга Splice site

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

CXCR4 (NM_003467.3)

АД AD

2-й экзон Exon 2

с.1013C>G

р.Ser338Ter

Нонсенс Nonsense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

CXCR4

АД AD

2-й экзон Exon 2

c.976dupC

р.Leu326ProfsTer18

Дупликация со сдвигом рамки считывания A frameshift duplication

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

7

CXCR4

АД AD

2-й экзон Exon 2

c.1000C>T

р.Arg334Ter

Нонсенс Nonsense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

CXCR4

АД AD

2-й экзон Exon 2

c.1027G>T

p.Glu343Ter

Нонсенс Nonsense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

CXCR4

АД AD

2-й экзон Exon 2

c.970_971insTCCT

р.Ser324PhefsTer21

Вставка со сдвигом рамки считывания A frameshift insertion

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

2

RAC2 (NM_002872.5)

АД AD

3-й экзон Exon 3

c.184G>A

p.Glu62Lys

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

2

LYST (NM_000081.4)

АР AR

39–40-й экзоны Exons 39-40

Делеция 39–40-го экзонов Deletion of exons 39–40

Протяженная делеция A large deletion

Гомозигота Homozygote

–

–

–

–

–

1

LYST

АР AR

6-й экзон Exon 6

с.3310C>T

P.Arg1104Ter

Нонсенс Nonsense

Гомозигота Homozygote

–

–

–

–

–

1

LYST

АР AR

44-й экзон Exon 44

c.10894A>G

p.Ile3632Val

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

с.10104G>T

p.Gly3368=

Синонимичная замена Synonymous substitution

Гетерозигота Heterozygote

1

RAB27A (NM_183235.3)

АР AR

1–5-й экзоны Exons 1–5

Дупликация участка 1-го экзона и инвертированная дупликация 1–5-го экзонов Duplication of a region in exon 1 and an inverted duplication of exons 1–5

Гомозигота Homozygote

–

–

–

–

–

1

RAB27A

АР AR

3-й экзон Exon 3

с.148_149delAGinsC

р.Arg50LysfsTer35

Делеция и инсерция со сдвигом рамки считывания Frameshift deletion and insertion

Гомозигота Homozygote

–

–

–

–

–

1

SLC37A4 (NM_001164277.2)

АР AR

7-й экзон Exon 7

c.699C>G

p.Tyr233Ter

Нонсенс Nonsense

Гомозигота Homozygote

–

–

–

–

–

2

SLC37A4

АР AR

10-й экзон Exon 10

с.1042_1043delCT

P.Leu348ValfsTer53

Делеция со сдвигом рамки считывания A frameshift deletion

Гомозигота Homozygote

–

–

–

–

–

1

SLC37A4

АР AR

4-й экзон Exon 4

c.304G>A

p. Val102Ile

Миссенс Missense

Гомозигота Homozygote

-

-

-

-

-

50

SBDS (NM_016038.4)

АР AR

2-й интрон Intron 2

с.258+2T>C

Сайт сплайсинга Splice site

Гетерозигота Heterozygote

2-й экзон Exon 2

с.183_184delinsCT

p.Lys62Ter

Нонсенс Nonsense

6

SBDS

АР AR

2-й интрон Intron 2

с.258+2T>C

Сайт сплайсинга Splice site

Гетерозигота Heterozygote

5-й экзон Exon 5

c.653G>A

p.Arg218Gln

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

3

SBDS

АР AR

2-й интрон Intron 2

с.258+2T>C

Сайт сплайсинга Splice site

Гомозигота Homozygote

–

–

–

–

–

1

SBDS

АР AR

2-й интрон Intron 2

с. 258 + 2_258+3delTGinsCA

Сайт сплайсинга Splice site

Гетерозигота Heterozygote

2-й экзон Exon 2

с.183_184delinsCT

p.Lys62Ter

Нонсенс Nonsense

Гетерозигота Heterozygote

1

SBDS

АР AR

2-й интрон Intron 2

с.258+2T>C

Сайт сплайсинга Splice site

Гетерозигота Heterozygote

2-й интрон Intron 2

c. 258+1G>A

Сайт сплайсинга Splice site

Гетерозигота Heterozygote

2

SBDS

АР AR

2-й экзон Exon 2

с.258+2T>C

Сайт сплайсинга Splice site

Гетерозигота Heterozygote

1-й экзон Exon 1

c.107delT

Val36AlafsTer23

Делеция со сдвигом рамки считывания A frameshift deletion

Гетерозигота Heterozygote

1

SBDS

АР AR

2-й интрон Intron 2

с.258+2T>C

Сайт сплайсинга Splice site

Гетерозигота Heterozygote

4-й экзон Exon 4

с.556del

р.Leu186Ter

Нонсенс Nonsense

Гетерозигота Heterozygote

1

SBDS

АР AR

2-й интрон Intron 2

с.258+2T>C

Сайт сплайсинга Splice site

Гетерозигота Heterozygote

3-й экзон Exon 3

с.337delA

p.Thr113LeufsTer8

Делеция со сдвигом рамки считывания A frameshift deletion

Гетерозигота Heterozygote

1

SBDS

АР AR

2-й интрон Intron 2

с.258+2T>C

Сайт сплайсинга Splice site

Гетерозигота Heterozygote

2-й экзон Exon 2

c.129-71_c.140del

Сайт сплайсинга Splice site

Гетерозигота Heterozygote

1

SBDS

АР AR

2-й интрон Intron 2

с.258+2T>C

Сайт сплайсинга Splice site

Гетерозигота Heterozygote

3-й экзон Exon 3

c.356G>A

p.Cys119Tyr

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

1

DNAJC21 (NM_001012339.3)

АР AR

7-й интрон Intron 7

с.984-2А>G

Сайт сплайсинга Splice site

Гомозигота Homozygote

–

–

–

–

–

1

SRP54 (NM_003136.4)

АД AD

8-й экзон Exon 8

c.569A>G

p.Asp190Gly

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

SRP54

АД AD

5-й экзон Exon 5

c.349_351del

p.Thr117del

Делеция без сдвига рамки считывания A non-frameshift deletion

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

2

SRP54

АД AD

9-й экзон Exon 9

с.676G>C

p.Gly226Arg

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

SRP54

АД AD

13-й экзон Exon 13

c.1105A>G

p.Met369Val

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

SRP54

АД AD

8-й экзон Exon 8

c.535T>C

p.Phe179Val

Миссенс Missense

Гетерозигота Heterozygote

–

–

–

–

–

1

USB1 (NM_024598.4)

АР AR

3-й экзон Exon 3

с.395_406delA

р.His132_Leu135del

Делеция без сдвига рамки считывания A non-frameshift deletion

Гомозигота Homozygote

–

–

–

–

–

1

USB1

АР AR

6-й экзон Exon 6

c.682C>T

р.Gln228Ter

Нонсенс Nonsense

Гомозигота Homozygote

–

–

–

–

–

2

COPZ1 (NM_016057.3)

АР AR

7-й экзон Exon 7

c.421C>T

p.Gln141Ter

Нонсенс Nonsense

Гомозигота Homozygote

–

–

–

–

–

Примечание. AД – аутосомно-доминантный тип наследования; AР – аутосомно-рецессивный тип наследования.

Notes. AD – autosomal dominant; AR – autosomal recessive.

 

За семейный случай было принято наличие родственника с тем же генетическим дефектом и клиническими проявлениями заболевания, что и у пациента (таблица 4).

Геномную ДНК выделяли из цельной крови с использованием стандартных протоколов. Поиск генетических вариантов выполнялся следующими методами:

• высокопроизводительное секвенирование следующего поколения (next generation sequencing) в объеме таргетных панелей генов, полноэкзомного либо полногеномного секвенирования;
• секвенирование по Сэнгеру;
• мультиплексную лигазозависимую амплификацию проб (multiplex ligation-dependent probe amplification) использовали для выявления протяженных делеций и дупликаций.

Статистическая обработка полученных данных проводилась с использованием специализированного программного пакета XLSTAT (Addinsoft).

РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

За период 2012–2025 гг. в Центре им. Дмитрия Рогачева были зарегистрированы 178 пациентов с различными генетическими дефектами, связанными с врожденной нейтропенией (рисунок 1).

 

Рисунок 1

Распределение пациентов с врожденной нейтропенией по нозологическим формам (n = 178)

Figure 1

The distribution of the patients with congenital neutropenia according to the underlying genetic defect (n = 178)

 

Изолированная нейтропения представлена группой пациентов с дефектами в генах ELANE, CSF3R, WAS (n = 53).

ТВН 1-го типа (аутосомно-доминантный тип наследования) диагностирована у 49 пациентов (из 49 семей) с различными гетерозиготными вариантами в гене ELANE, из них 75% (37/49) с ТВН и 24% (12/49) с циклической нейтропенией. У 2 детей из неродственных семей были выявлены по одному родителю с тем же генетическим дефектом и клиническими проявлениями нейтропении, что расценено как семейные случаи. Причинно-значимые варианты были локализованы во всех экзонах гена ELANE, а также в 3-м и 4-м интронах (рисунок 2).

 

Рисунок 2

Разнообразие вариантов в гене ELANE (n = 49)

Figure 2

The diversity of variants in the ELANE gene (n = 49)

 

Миссенс-варианты в гене ELANE встречались в 73% (36/49) случаев, варианты сайтов сплайсинга – в 14% (7/49), синонимичные замены составили 6% (3/49), нонсенс-варианты – 4% (2/49), варианты со сдвигом рамки считывания – 1% (1/49). В данной когорте у 7 пациентов были выявлены варианты с неблагоприятным прогнозом: c.640G>A (n = 4), c.640_641delinsTT, (n = 1), c.641G>A (n = 1), с.452G>C (n = 1). Клинически у этих пациентов выявлялась тяжелая нейтропения вплоть до агранулоцитоза без гематологического ответа при использовании высоких доз гранулоцитарного колониестимулирующего фактора (Г-КСФ) (60–80 мкг/кг/сут), у 2 из них (с вариантами c.640G>A и с.452G>C) впоследствии развился миелодиспластический синдром.

Очень редким случаем является изолированная ТВН 7-го типа, обусловленная биаллельными дефектами в гене рецептора колониестимулирующего фактора CSF3R с потерей функции. В Центре им. Дмитрия Рогачева зарегистрирован 1 пациент с нонсенс-вариантом c.1640G>A в гене CSF3R в гомозиготном состоянии.

Среди других редких нейтропений мы наблюдаем 3 пациентов с Х-сцепленной ТВН, связанной с активирующими вариантами в гене WAS: c.881T>C, c.812T>C, c.926G>T.

Нейтропения, ассоциированная с различными негематологическими проявлениями, представлена группой из 9 пациентов с дефектами в генах GFI1, G6PC3, TAFAZZIN, VPS13B.

Среди них интересны 2 случая редкой формы аутосомно-доминантной ТВН 2-го типа, связанной с гетерозиготными вариантами в гене независимого фактора роста GFI1, у пациентов из неродственных семей. У одного из пациентов (с.1145A>G) с тяжелыми рецидивирующими гнойно-воспалительными заболеваниями нейтропения дебютировала в 2 года, по данным миелограммы отмечалось угнетение нейтрофильного роста. У второго пациента (с.235G>C) с клинической картиной рецидивирующих бактериальных инфекций нейтропения была выявлена лабораторно после 2 лет.

ТВН 4-го типа обусловлена биаллельными вариантами в гене одной из каталитических субъединиц глюкозо-6-фосфатазы G6PC3, приводящими к потере функции соответствующего белка. В группе наблюдаемых пациентов выявлен 1 случай с вариантом в гене G6PC3 c.925delT в гомозиготном состоянии.

Барт-синдром, сцепленный с Х-хромосомой и связанный с вариантами в гене TAFAZZIN, был подтвержден у 2 пациентов: c.338+1G>A и с. 646G>A.

Синдром Коэна, наследуемый аутосомно-рецессивным путем и обусловленный патогенными вариантами в гене VPS13B, диагностирован у 4 пациентов (таблица 4).

Нейтропения, связанная с иммунодефицитом/иммунной дисрегуляцией. У пациентов с аутосомно-доминантным GATA2-синдромом (n = 14) варианты в гене транскрипционного фактора GATA2 были обнаружены в 5-м и 6-м экзонах и 5-м интроне; у 1 пациента подтверждена протяженная делеция, затрагивающая весь ген GATA2 (рисунок 3). В данной когорте преобладали миссенс-варианты – 43% (6/14) и нонсенс-варианты – 28% (4/14).

 

Рисунок 3

Разнообразие вариантов в гене GATA2 (n = 14)

Figure 3

The diversity of variants in the GATA2 gene (n = 14)

 

Среди пациентов с WHIM-синдромом (n = 11) с гетерозиготными вариантами в гене CXCR4 чаще всего регистрировался вариант c.1000C>T (n = 7). Другие варианты были представлены в единичных случаях. Зафиксирован один семейный случай, при котором патогенный вариант был найден у одного из родителей с клиническими проявлениями, соответствующими WHIM-синдрому (c.976dupC).

У 2 пациентов был диагностирован аутосомно-доминантный дефицит RAC2 с выявленным гетерозиготным вариантом в одноименном гене RAC2 c.184G>A.

Синдром Чедиака–Хигаши с аутосомно-рецессивным типом наследования, обусловленный гомозиготными и компаунд-гетерозиготными вариантами в гене LYST, диагностирован у 4 пациентов: делеция 39–40-го экзонов в гомозиготном состоянии (n = 2), с.3310C>T в гомозиготном состоянии, c.10104G>T и c.10894A>G в компаунд-гетерозиготном состоянии.

Синдром Грисцелли 2-го типа с аутосомно-рецессивным типом наследования, обусловленный вариантами в гене RAB27A, подтвержден у 2 пациентов: гомозиготная структурная перестройка, включающая дупликацию участка 1-го экзона гена RAB27A и инверсию-дупликацию, вовлекающую 1–5-й экзоны гена PIGB, ген PIGBOS1 (полностью) и прилежащий к ним межгенный участок; вариант со сдвигом рамки считывания в гомозиготном состоянии c.148_149delAGinsC.

Одному пациенту была диагностирована ТВН 9-го типа – с гетерозиготным вариантом в гене гомолога белка казеинолитической пептидазы В (CLPB) с.1681C>T и лабораторными проявлениями 3-метилглутаконовой ацидурией.

Разновидностью нейтропении, связанной с метаболическими нарушениями и дефицитом питания, является аутосомно-рецессивный гликогеноз 1b, вызванный биаллельными вариантами в гене SLC37A4, который был выявлен у 4 пациентов: с.699C>G, с.1042_1043delCT (n = 2), c.85G>A. Выявленные варианты были обнаружены в гомозиготном состоянии.

Нейтропения, ассоциированная с костномозговой недостаточностью, представлена дефектами в генах: SBDS, DNAJC21, SRP54, USB1.

Подавляющее большинство пациентов в данной группе приходится на синдром Швахмана–Даймонда (СШД) – 67 пациентов (из 63 семей) с патогенными биаллельными вариантами в гене SBDS. В 75% (50/67) случаев наблюдается сочетание вариантов c.258+2T>C и с.183_184delTAinsCT в компаунд-гетерозиготном состоянии. В 4 неродственных семьях было диагностировано по 2 ребенка с СШД с данными вариантами. Также в нашей когорте пациентов выявлены 3 пробанда с вариантом c.258+2T>C в гомозиготном состоянии. У 14 пациентов встречались другие сочетания (таблица 4). Помимо этого, у 1 пациента с СШД был выявлен редкий дефект в гене DNAJC21 с.984-2A>G в гомозиготном состоянии.

Патогенные варианты в гене SRP54, характерные для аутосомно-доминантной ТВН 8-го типа, при которой страдают процессы аутофагии, в нашей когорте пациентов представлены исключительно миссенс-вариантами (6/6). Один пациент имел известный патогенный вариант c.349_351del, 5 пациентов с доказанной тяжелой нейтропенией (АКН < 0,5 × 10⁹/л) имели ранее неописанные варианты (таблица 4).

Синдром Клерикузио (пойкилодермия с нейтропенией), передающийся по аутосомно-рецессивному типу, был обнаружен у 2 пациентов и обусловлен гомозиготными вариантами в гене USB1: с.395_406delA и с.682C>T.

В нашем Центре также наблюдаются 2 сиблинга с уникальным дефектом в гене COPZ1 – c.421C>Т в гомозиготном состоянии. У этих пациентов помимо нейтропении отмечался атипичный аутизм с умственной отсталостью, скелетными деформациями, лимфопролиферацией, гипергаммаглобулинемией.

ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ ИССЛЕДОВАНИЯ

В ходе исследования, включающего группу пациентов детского возраста, выявлено значительное разнообразие генетических дефектов, связанных с развитием врожденной нейтропении, что указывает на необходимость тщательной дифференциальной диагностики таких состояний.

Анализ данных показал присутствие как распространенных форм изолированной ТВН 1-го типа (ELANE) – 27% (49/179), в том числе 2 семейных случая, так и крайне редких, таких как ТВН 7-го типа (CSF3R) и Х-сцепленная нейтропения (WAS). В литературе имеются публикации, описывающие взаимосвязь генотипа и фенотипа при мутациях в гене ELANE, в частности варианты Cys151Tyr и Gly214Arg, в аспекте развития миелодиспластического синдрома/острого миелоидного лейкоза (ОМЛ), неэффективности препаратов Г-КСФ и неблагоприятного результата трансплантации гемопоэтических стволовых клеток [9]. В нашем исследовании неблагоприятные варианты в аминокислотных остатках Gly214 и Cys151, связанные с плохим прогнозом течения болезни, выявлены в 14% (7/49) случаев, что дало возможность при постановке диагноза определить более ранние сроки к проведению трансплантации гемопоэтических стволовых клеток и, как следствие, обеспечило наиболее благоприятный исход.

Особенностью ТВН 7-го типа (CSF3R) являются отсутствие гематологического ответа на препараты Г-КСФ и положительный эффект со стороны нейтрофилов от введения гранулоцитарно-макрофагального колониестимулирующего фактора [10], что показывает необходимость персонализированного подхода в терапии при верификации генетического дефекта.

Стоит отметить, что отдельные разновидности, такие как ТВН 3-го типа, связаны с аутосомно-рецессивными дефектами в гене HAX1 и составляют приблизительно 30% случаев ТВН, согласно литературным источникам [11], отсутствуют в нашем исследовании, что может свидетельствовать о редкой частоте встречаемости данной нозологии в российской популяции.

СШД – редкое аутосомно-рецессивное заболевание, характеризующееся недостаточностью экзокринной функции поджелудочной железы, дисфункцией костного мозга (нейтропения, анемия, реже тромбоцитопения), задержкой роста и скелетными аномалиями [12, 13]. В 90% случаев СШД обусловлен патогенными биаллельными вариантами в гене SBDS [14]. В нашем исследовании СШД представляет собой наибольшую группу пациентов – 38% (67/178). Нельзя исключить, что это связано с хорошей осведомленностью врачей, в том числе смежных специальностей, приводящей к высокой выявляемости данной патологии. У большинства пациентов с СШД (75%) выявляется классическое сочетание компаунд-гетерозиготных вариантов c.258+2T>C и c.183_184delTAinsCT, что свидетельствует о наличии «горячих» точек мутагенеза и согласуется с данными литературы [15, 16]. Помимо характерных для СШД вариантов были выявлены и уникальные изменения в гене DNAJC21, не описанные ранее в научной литературе.

Среди пациентов с WHIM-синдромом, по данным литературы, наиболее часто встречается вариант c.1000C>T [17], в нашей группе он зарегистрирован в 64% случаев, что соответствует международным данным.

Такие редкие синдромальные формы, как Барт-синдром, синдром Коэна, гликогеноз 1b, синдром Чедиака–Хигаши, синдром Грисцелли 2-го типа, показывают необходимость мультидисциплинарного подхода при диагностике данных состояний, а также необходимости осведомленности врачей разных специальностей о данных патологиях.

В нашем исследовании широко представлена группа пациентов, где нейтропения ассоциирована с иммунодефицитными состояниями и недостаточностью костного мозга, данные группы заболеваний находятся на стыке двух специальностей – иммунологии и гематологии, что подчеркивает важность совместного ведения пациентов, в том числе учитывая высокие риски злокачественных трансформаций.

Среди крайне редких генетических вариантов отдельного упоминания требует недавно открытый дефект в гене COPZ1, который не включен в классификацию врожденных нейтропений 2023 г. [18]. На сегодняшний день в мире достоверно известны только 3 пациента с данным генетическим дефектом, 2 из них наблюдаются в нашем Центре.

К сожалению, мы до сих пор сталкиваемся с семейными случаями заболеваний, что подчеркивает важность своевременной генетической и пренатальной/преимплантационной диагностики, чему способствует развитие современных технологий молекулярно-генетических исследований. В свою очередь, персонализированный подход к ведению пациентов, основанный на детальном изучении генетических особенностей, становится важным инструментом повышения эффективности медицинской помощи.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Применение современных технологий молекулярно-генетических исследований открывает новые горизонты для улучшения диагностики и, как следствие, лечения нейтропении, а также открытия новых генов. Персонализация подходов к пациентам, основанных на детальном изучении генетических особенностей, становится важным инструментом повышения эффективности медицинской помощи.

БЛАГОДАРНОСТЬ

Авторы выражают благодарность фонду «Наука – детям» за поддержку в проведении исследования.

ACKNOWLEDGEMENTS

The authors would like to thank the Science for Children Foundation for the support of the study.

ЭТИЧЕСКАЯ ЭКСПЕРТИЗА

Исследование одобрено независимым этическим комитетом и утверждено решением ученого совета ФГБУ «НМИЦ ДГОИ им. Дмитрия Рогачева» Минздрава России. Информированное согласие на проведение генетического исследования и публикацию полученных результатов было получено от самих пациентов и/или их законных представителей (родителей).

ETHICS REVIEW

The study was approved by the Independent Ethics Committee and the Scientific Council of the Dmitry Rogachev National Medical Research Center of Pediatric Hematology, Oncology and Immunology of Ministry of Healthcare of the Russian Federation. Informed consent for genetic testing and publication of the results was obtained from the patients and/or their legal representatives (parents).

ИСТОЧНИК ФИНАНСИРОВАНИЯ

Не указан.

FUNDING

Not specified.

КОНФЛИКТ ИНТЕРЕСОВ

Авторы статьи подтвердили отсутствие конфликта интересов, о котором необходимо сообщить.

CONFLICT OF INTEREST

The authors confirm that there is no conflict of interest to declare.

ВКЛАД АВТОРОВ

Все авторы внесли равнозначный вклад в работу.

AUTHOR CONTRIBUTIONS

The authors contributed equally to the work.

About the authors

Ekaterina A. Deordieva

The Dmitry Rogachev National Medical Research Center of Pediatric Hematology, Oncology and Immunology of Ministry of Healthcare of the Russian Federation

Author for correspondence.
Email: deor2005@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-8208-2075

Cand. Med. Sci., Assistant Professor at the Department of Allergy/Immunology, an allergist/immunologist at the Outpatient Clinic 

Russian Federation, Moscow

A. V. Pavlova

The Dmitry Rogachev National Medical Research Center of Pediatric Hematology, Oncology and Immunology of Ministry of Healthcare of the Russian Federation

Email: deor2005@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-3974-5662
Russian Federation, Moscow

N. B. Kuzmenko

The Dmitry Rogachev National Medical Research Center of Pediatric Hematology, Oncology and Immunology of Ministry of Healthcare of the Russian Federation

Email: deor2005@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-1669-8621
Russian Federation, Moscow

O. A. Shvets

The Dmitry Rogachev National Medical Research Center of Pediatric Hematology, Oncology and Immunology of Ministry of Healthcare of the Russian Federation

Email: deor2005@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-5347-7150
Russian Federation, Moscow

M. G. Ipatova

The N.I. Pirogov Russian National Research Medical University of Ministry of Healthcare of the Russian Federation

Email: deor2005@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-0295-4820
Russian Federation, Moscow

N. S. Grachev

The Dmitry Rogachev National Medical Research Center of Pediatric Hematology, Oncology and Immunology of Ministry of Healthcare of the Russian Federation

Email: deor2005@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-4451-3233
Russian Federation, Moscow

G. A. Novichkova

The Dmitry Rogachev National Medical Research Center of Pediatric Hematology, Oncology and Immunology of Ministry of Healthcare of the Russian Federation

Email: deor2005@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-2322-5734
Russian Federation, Moscow

A. Yu. Shcherbina

The Dmitry Rogachev National Medical Research Center of Pediatric Hematology, Oncology and Immunology of Ministry of Healthcare of the Russian Federation

Email: deor2005@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-3113-4939
Russian Federation, Moscow

N. S. Smetаnina

The Dmitry Rogachev National Medical Research Center of Pediatric Hematology, Oncology and Immunology of Ministry of Healthcare of the Russian Federation

Email: deor2005@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-8805-1499
Russian Federation, Moscow

E. V. Raykina

The Dmitry Rogachev National Medical Research Center of Pediatric Hematology, Oncology and Immunology of Ministry of Healthcare of the Russian Federation

Email: deor2005@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-7634-2053
Russian Federation, Moscow

References

Supplementary files